1、中國科學技術(shù)大學博士學位論文蛋白質(zhì)特異性分子相互作用的設(shè)計、篩選及應(yīng)用姓名：丁博申請學位級別：博士專業(yè)：生物信息學指導(dǎo)教師：劉海燕20100401摘要質(zhì)量也無法控制。我們以高通量寡聚核苷酸合成和高通量測序為基礎(chǔ)，找到一利一構(gòu)建高質(zhì)量突變庫的方法。首先，以原抗體氨基酸序列為出發(fā)點，通過生物信息學方法找到與其CDR區(qū)同源的序列，通過多序列比對對每個帶突變位點的突變范圍進行定義。然后引入贗核苷酸編碼通過高通量合成得到突變庫，通過商通量測序及測

2、序結(jié)果分析對突變庫的質(zhì)量進行評估，同時也通過評估的結(jié)果改進合成策略，重新合成，這樣循環(huán)下來可以得到高質(zhì)量的突變庫。我們以A21為模板，構(gòu)建出了位置飽和微擾且均一的突變庫。同時我們也試圖通過對篩選前和篩選后的突變庫分別進行高通量測序，通過對每個突變體富集比例的計算確定抗體親n』j的提高倍數(shù)，驗訂E實驗還在進?！竭M行中。詒：蟹白質(zhì)‘j其底物分于特異陀相互作用的綜合利用方面，我們以蛋白質(zhì)和DNA；鉬互作片j為研究對象，希望基于現(xiàn)有的理論和實

3、驗方法找到更多特異性識別的蛋白質(zhì)和DNA序列以及新的組合模式通過這些調(diào)控實現(xiàn)更復(fù)雜的動力學行為。我們通過對乳糖阻遏蛋白及其結(jié)合DNA序列三維結(jié)構(gòu)的分析得到對識別特異性i起到關(guān)鍵作用的位點，通過理論和實驗上對位點進行飽和突變，并檢驗對新的DNA序列的識別情況，找到新的蛋白質(zhì)和DNA識別組合。接下來，我們通過瑚論模型找刊J實現(xiàn)“與”邏輯運算和“或”邏輯運算在所必需的參數(shù)范圍，并在實驗上滿足參數(shù)要求，成功在細菌內(nèi)構(gòu)建邏輯計算元件和邏輯計算網(wǎng)絡(luò)